二是主张崇拜上帝，废弃一切偶像，包括对祖先的崇拜，背离了中国人的传统信仰和崇拜观念；而上帝是西方基督教的崇拜对象，因此被社会指斥为“从番”。而且，当时正值鸦片战争之后，中国受到列强侵略欺凌，爱国情绪正炽，宣扬基督教更引起中国人的误会和忌恨。
三是洪秀全对基督教并不熟悉，《劝世良言》并没有高深的宗教理论体系，而且不合中国国情。因此，初创时的拜上帝教理论贫乏，不能说服民众，尤其是知识分子。洪秀全熟悉儒学，而且深刻感受和理解中国传统文化、习惯的巨大影响力。因而，他采取了合理选择，把基督教与传统的儒家学说结合起来，使皇上帝中国化。这样，不但能使皇上帝在中国人的信仰中较容易地取代旧的偶像，而且还能使他的传教活动获得合法的存在空间，并且可以弥补拜上帝教理论肤浅和贫乏的弱点。
因此，洪秀全大量地从儒家学说中吸取思想资料。在他早期著作中，保存了大量的、浓厚的儒家思想及其学说，而且儒学成分多于基督教成分，显示初期拜上帝教带有明显的儒学色彩。
最后，教义存在严重的矛盾与局限。洪秀全以《劝世良言》为拜上帝教义的经典。此书是梁发所编译。梁发为一印刷工人，文化程度有限。《劝世良言》选自圣经若干片段，“虽其译文甚为忠实，然因多译自外国方言，又无序言及注解”，难以读懂。洪秀全只得“自行揣摩，又常多错解”。因此，当有人偶尔问起《劝世良言》书中代词究是何人，洪秀全只有“默然不答”，或者干脆曲解为指自己本人。因此，一年多传教活动的失败与洪秀全宗教知识的贫乏颇有关联。