英军攻陷镇海城后，通向宁波门户随之洞开。10月12日，英舰“复仇神”号沿甬江西进，进逼宁波。逃至宁波的余步云同一天派人赴镇海，向英军乞降。但未及回报，英舰已至，余步云闻讯大惊，慌忙逃往上虞。宁波地方文武员弁及提镇二营，群起效尤，纷纷溃逃。城内一片混乱，阖城居民迁避一空。10月13日，英军几乎未费一枪一弹，占领了宁波。
入城之后，英军再次大肆抢劫，掠得“可供两年之用的谷物和十二万元左右的现金和纹银，堆着大堆大堆的钱，价值当不可胜数”。与此同时，英军当局在定海、镇海、宁波建立殖民统治机构，分别由传教士郭士立在宁波、英军译员罗伯聃在镇海、英军军官丁尼士在定海掌管“民政”。他们发布告示，制订统治法规，布哨设岗，对三地人民进行殖民统治。10月16日，璞鼎查又向浙江巡抚刘韵珂和水师提督余步云发出照会，声称在清政府完全接受英国所提侵略条款之前，英军“仍必交战”。同时，他还以英陆、海军司令的名义，向浙江官府讹索银钱，声称如不照办，英军就要攻打杭州及周围城邑。而余步云惶惶如丧家之犬，躲在上虞不敢出战，浙江巡抚刘韵珂与杭州将军奇明保在省城更是一筹莫展，任由英军在宁波一带四出袭扰。