与程朱之学相反，王守仁心学的逻辑基点是“心即理”，理论的最高范畴不是虚构的、超验并外在于事物的“理”，而是内在于主体的精神实体——“心”。王守仁批评程朱之学的“性即理”说是使“物理吾心终判为二”，分世界为形而上和形而下、理与气、道与器、理与欲、道心与人心等为对立的二元，所以他要以“心”统一世界：“夫物理不外吾心，外吾心而求物理，无物理矣。遗物理而求吾心，吾心又何物耶？心之体，性也，性即理也。故有孝亲之心，即有孝之理；无孝亲之心，即无孝之理矣。有忠君之心，即有忠之理；无忠君之心，即无忠之理。理岂外于吾心耶？！”[10]心的表现是良知。良知是宇宙的本体，也是天赋内在的道德规范。在此理论的基点上，王守仁批评程朱之学格物致知的修养方法是“务外遗内，博而寡要”，而“离行言知”是“玩物丧志”[11]；“先儒格物为格天下之物，天下之物如何格得？且谓一草一木亦皆有理，今如何去格？纵格得草木来，如何反来诚得自家意？”[12]并对应地提出向内发动道德自觉意识的所谓致良知的修养方法，以及知行并举，在实际行动中实现良知的知行合一的理论。
王守仁虽然提出“心即理”的心学理论反对程朱之学“性即理”的旧说，但是其学说的发展并不是一帆风顺的，因为程朱之学毕竟是钦定的官方哲学，与之相违，往往被人视为异端。况且当时与王阳明并世的还有罗钦顺、余祐、吕柟、湛若水等学者，构成王学的反对派，在学术界同王阳明鼎立对峙。尤其是随着其学说在社会上的影响渐渐扩大，攻击毁谤也开始出现。当时御史程启充、给事毛玉便上书“倡议论劾，以遏正学”，要求对王学“宜严禁以端士习”。嘉靖二年（1523年）南宫策士，又以“心学”为问，阴以辟王阳明。在这种情况下，王守仁为了减少阻力，力图证明自己与朱熹的学说是一脉相承的，便从朱熹的著作中选出34条与自己学说相吻合的语录，撰写成《朱子晚年定论》一书，想以此说明世上所传的《四书集注》等书，都是朱熹中年时的未定之论，到了晚年，“固已大悟旧说之非，痛悔极艾，守仁依偎自诳诳人之罪，不可胜赎”，只是“思改正而未及”[13]。王守仁这种“引朱合陆”的做法，自己也承认是：“盖不得已而为此”[14]，说明当时王守仁心学对程朱之学突破的困难。