2005年年底，国务院决定按照“明确各级责任、中央地方共担、加大财政投入、提高保障水平、分步组织实施”的原则，建立中央和地方分项目、按比例分担的农村义务教育经费保障新机制，在全国农村普遍实行免除学杂费的义务教育，提高农村义务教育阶段中小学公用经费保障水平，建立农村中小学校舍维修改造长效机制，完善农村中小学教师工资保障机制。这项改革2006年首先在西部地区农村实施，2007年在全国农村地区全面推开。建立农村义务教育经费保障新机制，是我国教育发展史上又一个里程碑，对于提高教育公平、提高全民族素质产生了重要而深远的影响。
2005年提出的对家庭贫困学生实行“两免一补”政策，使贫困家庭的孩子能够上学读书，完成义务教育。“两免一补”政策2005年首先在592个国家重点贫困县实施，2006年在西部农村和部分中部农村地区实施，并将农村义务教育全面纳入国家财政保障范围。2007年春季在全国农村全面实施，惠及1.5亿农村义务教育阶段中小学学生。农民的教育负担得到切实减轻，平均每年每个小学生家庭减负140元，初中生家庭减负180元。